Android Pie 9.0 + EMUI 9.0
Mate 20 Pro系統是Android 9.0 Pie加上華為自家的EMUI Launcher（版本9.0）。如果你是Android原生系統愛好者，一定不會喜歡EMUI，短期內要看到華為推出Android One系列手機恐怕也容易。
EMUI有將介面加以簡化，在設定面板中把不常用到的功能移到「更多」的進階選項底下。內建app的導覽視覺設計與與螢幕底部按鈕也有更新，讓它們更容易的被操作。
EMUI 9.0帶來GPU Turbo 2.0，可以加速應用程式的啟動速度，此外還能使用臉部辨識將某些app上鎖（要使用app時需要臉部解鎖）。
EMUI 9裡的「Huawei Share」分享功能變得更好用，現在多了兩個無線分享選項，可以將手機裡的檔案分享到電腦然後進行列印（電腦要有接印表機才行）。此外還有HiVison旅行助理以及內建Digital平衡程式告訴你花了多少時間使用手機，然後提供選項讓你可以自我約束使用手機的時間，時間一到螢幕會變成黑白色。
HiVison旅行助理讓你將手機鏡頭對準特定物件，進行網上資料查詢。HiVision能識別15個國家的多個地標及建築以及逾1000萬幅著名藝術品，亦可識別食物，提供熱量等資訊，讓你作為熱量卡路里計算的參考。
Mate 20 Pro的屏幕下指紋辨識器是第二代產品，先前在Mate RS Porsche Design的是第一代。新增指紋檔時很容易，但要稍加按壓辨識器才可以完成建檔，不像我們在一般手機看見的那樣只要輕觸就好。指紋辨識的精準度很高，辨識速度相當快，算是很實用的程度了。雖然目前屏幕下方指紋辨識速度不像傳統指紋辨識器那麼快，但速度已經與iPhone第一代指紋辨識器一樣快了。
Mate 20 Pro還支援3D臉部掃描解鎖，它真的是3D臉部掃描技術，與P20與Mate 20的臉部辨識只使用前鏡頭進行辨識的方式不同，Mate 20 Pro使用與iPhone X相同的建構式光學技術（紅外線加泛光照明），透過投射點來讀取用戶臉部的3D資訊（準確度達毫米等級）。你只能設定一組臉部資訊。
系統有提供可以將瀏海頭兩側以黑色狀態條填滿，但通知狀態列裡的資訊例如訊息通知、電力剩餘百分比、時間仍然在瀏海頭兩側，並不會移下來喔。
除了瀏海頭，華為也有像iPhone X那樣加入手勢操作 - 向上滑動回到桌面，向上滑動並停住可以叫出近期開啟的應用程式，由左向右或由右向左滑動是返回（iOS從左側邊緣做向右滑動是返回）。
▼ 螢幕鎖定畫面 • 設定鎖定畫面的背景圖片
▼ Mate 20 Pro預設桌面像iPhone一樣，全部程式都放在此，沒有所謂的「所有程式集」，但還是可以到系統設定的「顯示」底下切換至傳統Android樣式
▼ Digital balance列出手機使用的統計例如花多時間使用Chrome、觀看影片、相片程式。螢幕使用時間管理（Screen time management）可以設定限制每天使用螢幕的時間、限制app使用時間上限、睡眠時間（到了設定的時間區間螢幕會變成灰色的）
▼ 設定一天只能使用Facebook三小時
EMUI雜誌風格般的螢幕鎖定畫面會輪播不同的背景圖片（每次喚醒手機會有不同的背景圖）。
▼ 設定指紋辨識的用途，例如可以用來解鎖、編輯指紋檔時的驗證、開啟特定app需經過指紋辨識
▼ 註冊新的指紋檔
▼ 設定臉部辨識的用途（使用時機），例如解鎖手機、臉部解鎖後是否需要再滑動才進到桌面。Smart lock screen notifications（只有當手機辨識到用戶的臉部時，才會在螢幕鎖定畫面顯示未讀訊息），開啟特定app需經過臉部辨識。Require eye contact，當開啟時，進行臉部辨識的時候你的眼睛不需要非得睜開
▼ 設定不同主題
▼ 下拉通知中心長得就很像原生Android，有亮度調整滑查與一排功能表（可以快速開啟或關閉藍牙、Wi-Fi、手電筒、靜音、螢幕自動旋轉等，下拉第二次會顯示更多功能選項）。
▼ 檢視近期開啟應用程式（多工運作），按住畫面下方導覽列的「近期開啟應用程式」按鈕可啟用畫面分割模式。例如你可以讓畫面上半部播放影片，下半部用來檢視相片。
「手機管理」程式有提供記憶體清除、電池設定、來電黑名單、Avast病毒掃描以及行動數據傳輸量統計。
▼ 音樂播放程式
▼ 內建的健康程式可與Google Fit同步並且計錄走路步數。
▼ 此外還有檔案管理與筆記本程式。可查看內部儲存空間使用情形，區域網路上面的伺服器這裡也有
▼ 圖片庫程式，有EMUI 9的AI技術，除了會自動分類精彩照片，還有Spotlight Reel功能，可自動識別人物，並在圖片庫中剪選主角的影片，自動剪輯出聚焦主角的精彩片段，你可以加以編輯
Mate 20 Pro頂部有紅外線發射器，可透過內建的「Smart Remote」遙控器程式將Mate 20 Pro化身為遙控器來遙控家裡的電視機、冷氣或風扇等家電。
